《神灵狩》讲述在距离电脑发达的很早以前，在那个被称为现世的世界中仍然残留日本的原始风景。在一个偏远的小城市中，古森太郎、大神信、中岛匡幸这三个中学生都有着自己无法忘记的过去。于是，三人出于不同的理由，他们的魂魄由现世来到了幽世。在那里冒险的三人渐渐知道了很多自己并不愿意去了解的秘密。 居住在水天町的三位中学生，都有着各自无法抹杀却又不想回忆起的过去，不知是否因为相同的原因，他们的灵魂会发生体外脱离，并以这种形式穿梭于现世与幽世之间。这个现实世界本没有神灵，随着幽世中不断发生异常，而开始吞噬现实世界。三位少年在幽世冒险的时候，逐渐了解到幽世与什么地方相连。